近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所芝麻與特色油料遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊在國際知名學(xué)術(shù)刊物《核酸研究(Nucleic Acids Research)》發(fā)布了植物微衛(wèi)星DNA及其標(biāo)記開發(fā)數(shù)據(jù)庫PMDBase。該數(shù)據(jù)庫的創(chuàng)建和共享將為全球作物功能基因組學(xué)和分子育種研究提供全面的、便利的基礎(chǔ)平臺。
微衛(wèi)星DNA,也稱為SSR,是涉及許多重要生物功能的基因組成分,已被廣泛地應(yīng)用于作物基礎(chǔ)研究,包括遺傳多樣性、連鎖和關(guān)聯(lián)作圖、標(biāo)記輔助選擇、品種鑒定和進(jìn)化分析等。
據(jù)介紹,該團(tuán)隊開發(fā)了一套便捷高效的微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)鑒定及分子標(biāo)記開發(fā)流程,對截至目前已完成基因組測序的110個植物進(jìn)行了鑒定,已發(fā)掘微衛(wèi)星DNA位點(diǎn) 超過2600萬個,并為每個位點(diǎn)開發(fā)了3對引物。用戶可獲取目標(biāo)物種有用的微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)和引物信息,以及每個位點(diǎn)所屬物種、位置、起止、類型、大小以及序列信息。用戶可以利用數(shù)據(jù)庫進(jìn)行微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)在線鑒定及分子標(biāo)記在線設(shè)計。該數(shù)據(jù)庫還提供了多種檢索方式和下載功能,所有數(shù)據(jù)和分析結(jié)果都可下載。
該數(shù)據(jù)庫為全球研究者們提供了在線的、友好的、便利的植物微衛(wèi)星DNA鑒定平臺,同時還整合了在線微衛(wèi)星DNA鑒定網(wǎng)絡(luò)服務(wù),是目前國際上涵蓋最多植物物種和信息最全面的綜合性數(shù)據(jù)庫,填補(bǔ)了同領(lǐng)域相關(guān)研究空白。
該研究得到國家自然科學(xué)基金、中國農(nóng)科院創(chuàng)新工程和所長基金等項(xiàng)目的支持。芝麻與特色油料遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊的于景印博士為論文第一作者,團(tuán)隊首席張秀榮研究員為論文通訊作者。
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