近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所農(nóng)業(yè)宏基因組學(xué)創(chuàng)新團隊聯(lián)合國內(nèi)科研單位開創(chuàng)性地提出了一種快速且全局最優(yōu)的轉(zhuǎn)錄組定量解決方案TQSLE。該方法可準確定量序列高度相似的轉(zhuǎn)錄本的表達水平。相關(guān)研究成果發(fā)表在《生物信息學(xué)簡報(Briefings in Bioinformatics)》上。
由于存在著序列極其相似的不同參考轉(zhuǎn)錄本,一部分轉(zhuǎn)錄組測序讀段存在映射不確定性,從而無法通過映射讀段的計數(shù)來估計轉(zhuǎn)錄本表達量。為解決這一問題,研究人員開發(fā)了一種非基于最大期望算法且非序列比對的方法TQSLE,為估計轉(zhuǎn)錄本和基因表達定量提供了一個全局最優(yōu)的解決方案。在模擬及真實的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)集上進行了一系列測試,結(jié)果表明,該技術(shù)相比基于最大期望算法的非序列比對的轉(zhuǎn)錄組定量方法更為準確。
該研究得到深圳市基礎(chǔ)研究專項、國家自然科學(xué)基金等項目的資助。(通訊員 馬昕怡)
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