近日,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所開(kāi)發(fā)了新的重測(cè)序文庫(kù)制備方法——“AIO-seq”。該方法簡(jiǎn)化了文庫(kù)制備的流程,極大地降低了文庫(kù)制備的成本,為高通量全基因組重測(cè)序在育種中應(yīng)用掃除了高成本障礙。相關(guān)研究成果在線發(fā)表在《植物-方法(Plant Methods)》上。
據(jù)常玉曉研究員介紹,全基因組基因型鑒定在育種中具有重要的作用。雖然目前基于二代測(cè)序的全基因組基因型鑒定在技術(shù)層面已經(jīng)非常成熟,但是其高昂的價(jià)格限制了在育種中的廣泛應(yīng)用。育種家普遍期望單個(gè)樣本的全基因組基因型鑒定的價(jià)格能夠降低至10美元左右。
圍繞這一技術(shù)難題,該課題組優(yōu)化了常規(guī)的重測(cè)序文庫(kù)制備方法,將傳統(tǒng)方法文庫(kù)擴(kuò)增后的文庫(kù)分選和定量這2個(gè)步驟,從“每個(gè)樣品單獨(dú)操作”的繁瑣流程,優(yōu)化為“多個(gè)樣品混合操作”的簡(jiǎn)化流程。通過(guò)簡(jiǎn)化,可以實(shí)現(xiàn)一百多份樣品混在一起只進(jìn)行一次文庫(kù)的分選和定量,大大降低了重測(cè)序文庫(kù)的建庫(kù)時(shí)間成本和試劑成本。此外,該方法還結(jié)合質(zhì)量越來(lái)越好的國(guó)產(chǎn)建庫(kù)試劑,進(jìn)一步降低了試劑成本。最終應(yīng)用新方法AIO-seq,可以將全基因組基因型鑒定的成本降低到育種家期望的10美元,為NGS在育種中的廣泛應(yīng)用掃除了障礙。
文章審稿人高度評(píng)價(jià)該研究成果,表示AIO-seq方法可以加快科研項(xiàng)目進(jìn)度,將成為重測(cè)序的標(biāo)準(zhǔn)方法,在育種研究特別是植物育種中,有重要的應(yīng)用價(jià)值。
該研究得到中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)、中國(guó)農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程、深圳市科創(chuàng)委基金,以及廣西自然科學(xué)基金資助。(通訊員 趙華)
原文鏈接:https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-020-00615-3