近日,《園藝研究》(Horticulture Research)在線發(fā)表了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院柑桔研究所構(gòu)建完成的柑桔全基因組變異數(shù)據(jù)庫CitGVD(http://citgvd.cric.cn/home),這是第一個園藝類作物全基因組變異數(shù)據(jù)庫。
柑桔是全世界最重要的商業(yè)水果作物之一。當(dāng)前,柑桔類物種的大量基因組重測序數(shù)據(jù)涌現(xiàn),可被用來評估種質(zhì)遺傳關(guān)系和開發(fā)分子標(biāo)記,以期服務(wù)于柑桔分子育種和全基因組選擇輔助育種。為方便訪問、利用和分享這些數(shù)據(jù),國家柑桔品種改良中心研究員陳善春團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一個基于Web的數(shù)據(jù)庫,即柑桔基因組變異數(shù)據(jù)庫。
據(jù)悉,這是第一個針對柑桔且專用于全基因組變異數(shù)據(jù)和分析的專業(yè)數(shù)據(jù)庫,其中變異數(shù)據(jù)包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)和插入缺失(INDEL)。CitGVD V1.0包含了來自內(nèi)部測序項(xiàng)目和公共資源的346個種質(zhì)的1493258964個高質(zhì)量基因組變異位點(diǎn)和84個表型數(shù)據(jù)。
CitGVD集成了基因組變異位點(diǎn)注釋、相關(guān)基因注釋以及有關(guān)種質(zhì)的詳細(xì)信息,并集成了多種內(nèi)置工具來進(jìn)行數(shù)據(jù)訪問和深入分析。這些功能使CitGVD成為柑桔相關(guān)研究的綜合Web門戶和生物信息學(xué)平臺,也為構(gòu)建其他農(nóng)作物的全基因組變異數(shù)據(jù)平臺提供了范例。
相關(guān)論文信息:https://doi.org/10.1038/s41438-019-0234-3