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科技創(chuàng)新工程于2013年在農(nóng)業(yè)農(nóng)村部和財(cái)政部的大力支持下啟動(dòng)實(shí)施，分為試點(diǎn)期（2013-2015年）、全面推進(jìn)期（2016-2020年）和跨越發(fā)展期（2021-2025年）三個(gè)階段。目的是以機(jī)制創(chuàng)新撬動(dòng)院所改革，以穩(wěn)定支持增強(qiáng)創(chuàng)新能力，以重大成果驅(qū)動(dòng)農(nóng)業(yè)農(nóng)村發(fā)展?？萍紕?chuàng)新工程是國(guó)家支持中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院長(zhǎng)期穩(wěn)定開展農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新的重大舉措，體現(xiàn)了國(guó)家對(duì)農(nóng)業(yè)科技的高度重視。

十年來，中國(guó)農(nóng)科院立足職能定位和優(yōu)勢(shì)特色，將科技創(chuàng)新工程作為“一號(hào)工程”，大膽深化內(nèi)部改革，探索建立了緊密結(jié)合“四個(gè)面向”的三級(jí)學(xué)科體系，以科研團(tuán)隊(duì)為創(chuàng)新單元的科研組織模式，以穩(wěn)定支持為核心的科研投入機(jī)制，以聯(lián)合攻關(guān)為特征的重大任務(wù)機(jī)制，以科研產(chǎn)出為導(dǎo)向的績(jī)效管理機(jī)制，以建設(shè)一流院所為目標(biāo)的現(xiàn)代院所制度等“六大管理機(jī)制”，人才保障能力、平臺(tái)支撐能力、科技創(chuàng)新引領(lǐng)能力、國(guó)際學(xué)術(shù)影響力等“四大創(chuàng)新能力”獲得大幅提升。全院34個(gè)研究所300多個(gè)科研團(tuán)隊(duì)充分發(fā)揮農(nóng)業(yè)科研國(guó)家隊(duì)作用，潛心科研，持續(xù)攻關(guān)，取得了一批重大創(chuàng)新成果，科技創(chuàng)新活力得到激發(fā)，創(chuàng)新能力加快提升，現(xiàn)代院所制度逐步完善，發(fā)展速度大幅加快，發(fā)展水平躍上了新臺(tái)階，顯著提升了國(guó)家戰(zhàn)略科技力量的創(chuàng)新能力和水平。

對(duì)標(biāo)總書記賀信精神和新時(shí)期歷史使命，中國(guó)農(nóng)科院提出實(shí)施“科技創(chuàng)新工程躍升計(jì)劃”，聚焦“種子、耕地、生物安全、農(nóng)機(jī)裝備、綠色低碳、鄉(xiāng)村發(fā)展”等國(guó)之大者，建設(shè)一批引領(lǐng)世界農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新前沿的科學(xué)中心；聚焦事關(guān)“三農(nóng)”發(fā)展全局的重大科技問題，整合科研團(tuán)隊(duì)打造系列產(chǎn)業(yè)專家團(tuán)；聚焦農(nóng)業(yè)農(nóng)村主戰(zhàn)場(chǎng)，打造一批支撐服務(wù)鄉(xiāng)村振興的區(qū)域中心。通過深化體制機(jī)制創(chuàng)新，持續(xù)提升創(chuàng)新能力，促進(jìn)重大突破性科研成果產(chǎn)出，履行好引領(lǐng)支撐鄉(xiāng)村振興和農(nóng)業(yè)強(qiáng)國(guó)建設(shè)的職責(zé)使命。